Στην Ελλάδα η ιστορία του αθλήματος αρχίζει ουσιαστικά το 1987 με την υπουργική απόφαση 4375/20-3-87 που αναθέτει την ανάπτυξη και την εποπτεία του αθλήματος στην Ελληνική Κωπηλατική Ομοσπονδία (Ε.Κ.Ο.Φ.Ν.Σ.) με τη θέσπιση της ειδικής επιτροπής Κάνοε-Καγιάκ. Από το 1987-1990 γίνεται προσπάθεια ανάπτυξης του Κάνοε-Καγιάκ Flatwater με την επιμόρφωση προπονητών-τεχνικών με τη συνεργασία των αναπτυγμένων αθλητικά κρατών, την παραλαβή των πρώτων σκαφών μέσω των διακρατικών συμφωνιών-ανταλλαγών και τη συμμετοχή της Ελλάδας σε Διεθνείς Ρεγκάτες. Το 1990 διοργανώνεται στα Ιωάννινα το Βαλκανικό Πρωτάθλημα με πλήρη επιτυχία. Το 1991 διοργανώνονται οι Μεσογειακοί Αγώνες στα Ιωάννινα καθώς και το 1ο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα Κάνοε-Καγιάκ Flatwater. Ταυτόχρονα συγκροτείται η Εθνική Ομάδα Flatwater και ξεκινά με δειλά βήματα η Ελληνική Παρουσία σε μεγάλες διεθνείς διοργανώσεις με συνεχείς επιτυχίες.

Τον Σεπτέμβριο του 1998 με την υπ.αριθμ 20623/30-9-98 απόφαση της Γενικής Γραμματείας Αθλητισμού, αναγνωρίζεται η Ελληνική Ομοσπονδία Κάνοε-Καγιάκ και το άθλημα αποκτά το δικό του σπίτι. Με γοργούς ρυθμούς ξεκινά το δεύτερο Ολυμπιακό Άθλημα, το Κάνοε-Καγιάκ Σλάλομ. Η διοργάνωση του 1ου Πανελληνίου Πρωταθλήματος Κάνοε-Καγιάκ Σλάλομ τον Δεκέμβριο του 1999 στο Εθνικό Προπονητικό Κέντρο του Ευήνου αποτελεί σταθμό στη προσπάθεια αυτή ενώ η συμμετοχή των αθλητών ξεπερνά όλες τις προσδοκίες.

Σήμερα η Ελληνική Ομοσπονδία Κάνοε-Καγιάκ αριθμεί στο ενεργητικό της 42 σωματεία και 1932 αθλητές και είναι μέλος της Διεθνούς Ομοσπονδίας Κάνοε (ICF) και της Ευρωπαϊκής Ένωσης Κάνοε (ECA). Εκτός από τα Πανελλήνια Πρωταθλήματα Κάνοε-Καγιάκ Flatwater και Σλάλομ η Ομοσπονδία διοργανώνει κάθε χρόνο την Πανελλήνια Συνάντηση Ανάπτυξης Flatwater καθώς και Πανελλήνιο Κύπελλο Flatwater και Σλάλομ. Οι κατά τόπους διασυλλογικοί αγώνες που διοργανώνουν τα σωματεία υπό την αιγίδα της Ομοσπονδίας, βοηθούν στην ανάπτυξη και διάδοση του αθλήματος και ενισχύουν το αθλητικό ιδεώδες. Η συμμετοχή των Εθνικών Ομάδων των δύο Ολυμπιακών Αθλημάτων Flatwater και Σλάλομ σε διεθνείς διοργανώσεις Παγκόσμιας εμβέλειας προβάλλει και ανυψώνει το ευ αγωνίζεσθαι.

Στόχος της Ομοσπονδίας είναι να καλλιεργήσει πνευματικά και σωματικά τους νέους και ταυτόχρονα να δημιουργήσει τις απαραίτητες προϋποθέσεις για την επίτευξη υψηλών αθλητικών στόχων που θα αναδείξουν την Ελλάδα διεθνώς.